Vanaf de zomer 1937 gaat de situatie in China snel achteruit. De Japanners starten een nieuwe oorlog tegen China vanuit het noorden en al snel nemen zij Peking in en beginnen een offensief om Shanghai te veroveren. In Shanghai klonteren de Westerlingen samen in de internationale concessie, die als neutraal terrein buiten schot lijkt te blijven. Miljoenen Chinese vluchtelingen voegen zich bij hen. Shanghai houdt niet lang stand en al snel vallen er ook bommen op Nanking. De nationale regering verhuist in haar geheel van Nanking naar Chongking in het binnenland, inclusief de NEC. Ook de internationale gemeenschap in Nanking begint zich uit de voeten te maken. Von Meyenburg gaat met de kleine Jan-Ewout weg uit Nanking, want de vrees is dat de Japanners snel door zullen trekken naar de hoofdstad. a

De Volkenbond bericht Bourdrez dat het naar Nederland kunnen verschepen wanneer hij wil, maar Bourdrez schrijft terug dat hij in Nanking blijft als steun aan de Chinezen. Veel werk is er niet te doen, maar hij vindt dat er een verkeerd signaal vanuit gaat als alle buitenlanders de hoofdstad zo snel verlaten. Twee vrienden, John Taylor en Nico van den Heuvel hebben hun families ook naar veiligere oorden gestuurd en trekken bij Bourdrez in. Bourdrez voelt zich al enkele weken niet lekker. Hij blijkt een blindedarmontsteking te hebben. Op advies van een Duitse dokter, die nog in Nanking verblijft, blijft hij veel in bed.  

In november wordt de situatie toch te nijpend en vertrekt Bourdrez halsoverkop. Zijn huis en de meeste van zijn spullen moet hij achterlaten. Volgens de familieoverlevering vertrekt Bourdrez met een vliegtuig, waar hij twee stoelen heeft gereserveerd, één voor hemzelf en één voor de prehistorische aardewerken potten die hij in 1936 kocht. Die potten zijn gemaakt tussen 3300 en 2000 vóór Christus en staan nu in het Rijksmuseum, waar ze behoren tot de oudste objecten in hun collectie. Andere waardevolle spullen had Bourdrez voor een deel al meegegeven aan zijn collega Henri Maux, die al eerder naar Hong Kong vertrekt. Een ander deel van zijn spullen begraaft hij in de tuin. Dat is maar goed ook, want na een kort beleg veroveren de Japanners Nanking en richten daar een bloedbad aan. 

Ook het huis van de familie Bourdrez wordt op 17 en 18 december geplunderd. Zijn bedienden worden daarbij geslagen, maar gezien het lot dat zo veel Chinezen in Nanking treft, komen ze er goed vanaf. 

De Japanse soldaten gaan er vandoor met dertien flessen rode wijn, acht flessen witte wijn, vier flessen whiskey, twee zomerjassen, twee fotocamera’s, een fiets, vier verrekijkers, twee handtassen en een auto, die niet van Bourdrez is. Hij schrijft hier later over dat hij erg blij is dat die auto er stond. Want de Japanse soldaten waren zo blij met die vondst dat ze er direct mee weg zijn gereden zonder verder veel te vernielen. Het meubilair overleeft de plundering en het personeel van de Nederlandse ambassade zorgt dat alle meubels en alle begraven spullen terug komen in het bezit van Bourdrez.   

Bourdrez vestigt zich na enige omzwervingen in Hong Kong. Daar herstelt hij van zijn blindedarmontsteking en hervat hij het werk zo goed als het kan. In de Zuidelijke provincies is nog veel te doen aan weg- en waterbouw. Hij heeft op dat moment nog de hoop dat hij terug kan naar zijn huis in Nanking zodra de gevechten zich naar elders hebben verplaatst. Maar dat blijkt ijdele hoop. Het besef komt dat het leven zoals ze dat hadden opgebouwd in Nanking voorgoed voorbij is. Uit alle correspondentie uit die periode blijkt dat hij moe en teneergeslagen is. Bourdrez is voorjaar 1938 afwisselend in Kanton en bij zijn gezin in Hong Kong. Ook gaat hij nog enkele keren het binnenland in. 

Bourdrez werkt weer aan wegenbouw, net als in 1932-1933 met zijn Poolse collega Okęcki. Hij werkt begin 1938 vooral in de provincie Kwangtung en Kwangsi (Guangdong en Guagnxi). Maar al snel wordt hij ook gevraagd de weg Hong Kong - Canton - Changsha - Hankow te verbeteren.

Een bijzondere ontmoeting uit die periode is met de Nederlandse filmmaker Joris Ivens, de Nederlandse cameraman John Fernhout en de Amerikaanse oorlogsfotograaf Robert Capa. Joris Ivens had net een film gemaakt over de Spaanse Burgeroorlog en was met zijn gezelschap in China om een film op te nemen over de Chinese strijd tegen Japan. Dit zou de film The 400 Million worden, die geheel te zien is op YouTube. 

Vincent Chiang ontdekte al dat Bourdrez in Hong Kong een ontmoeting had met Joris Ivens. Dat staat in de gepubliceerde dagboeken van Ivens. Daar wordt Bourdrez per abuis De Booij wordt genoemd, maar aangezien hij wordt beschreven als Nederlandse Volkenbondingenieur betrokken bij weg- en waterbouw, kan het niemand anders dan Bourdrez zijn. François Bourdrez was ook in het bezit van twee visitekaartjes van Joris Ivens. 

In de Engelstalige gepubliceerde dagboeken van Ivens staat de volgende passage: 'In Hong Kong I met a very important man who really saved our lives, a Dutch engineer, named De Booij. He pointed out that I was not only about to make a film but had to become an expedition leader as well, because we had to be equiped like a real expedition. He had worked for the League of Nations in China on canal and road building and had great experience in the Far East. I met him at the Dutch consulate. The Dutch consul and staff were very helpful. I never saw them again, but if they ever read this book they will know how thankful I am. With De Booij we bought all kind of cots, special bags, chemicals, medicine. We spent about three thousand dollars. This was one of the ‘unforseens’ in the budget.'

Uit de zakagenda van Bourdrez blijkt echter dat hij ook enkele weken later in Hankow (nu Wuhan) enkele dagen optrok met het gezelschap. Volgens de biografie van Joris Ivens moeten ze in Hankow wekenlang wachten voordat ze toestemming hadden om te filmen aan het front. Het wachten zorgde voor de nodige frustratie. Vooral Capa en Fernhout doden volgens de biografie van Capa de tijd met drank en vrouwen in café's in de beruchte uitgaansbuurt Dump Street.

Er is een periode van een dag of vier waarbij François en de groep Ivens tegelijk in Hankow waren. In zijn zakagenda, die hij dan soms ook als dagboek gebruikt, schrijft François over ontmoetingen met Ivens, Capa en Fernhout. Enkele keren dineert hij met Ivens en ook noteert hij meerdere keren 'Dumpstreet' en 1 keer staat er 'Jacht v. Capa' bij. Ook noteert hij meerdere keren dat hij 's ochtends hoofdpijn heeft. Waarschijnlijk hebben Ivens en Bourdrez in die dagen wel ontdekt dat ze een gemeenschappelijke vriend hebben in Mannus Franken, waar Bourdrez in 1924 mee in een huifkar naar Mechelen trok. Joris Ivens en Mannus Franken werkten in 1929 samen aan de avant-gardefilm Regen, die in 2007 met 15 andere films werd opgenomen in Canon van de Nederlandse film.

Bourdrez heeft vanaf januari 1932 tot mei 1938 in China vrijwel aan één stuk door gewerkt. In 1934 had Bourdrez wel een kort verlof, maar die tijd ging behalve zijn bruiloft en één week huwelijksreis allemaal op aan werkbezoeken door heel Europa. Fysiek heeft de periode in het Verre Oosten ook zijn sporen nagelaten klaagt hij in een brief. De lange expedities in de barre binnenlanden waren een groot avontuur, maar meerdere keren wordt hij daarbij geveld door ziektes en moet hij wekenlang herstellen. De blindedarmontsteking in winter 1937 houdt hem twee maanden van het werk. Een langere vakantie is er al die tijd niet van gekomen.

Aan zijn werkgever lag dat niet. Al anderhalf jaar eerder was hem door de Volkenbond een langer verlof beloofd. Bourdrez koos er zelf voor om te blijven. In 1936 en begin 1937 wilde hij niet weg omdat het werk door een nieuwe financiering een impuls had gekregen. Na de Japanse inval in zomer 1937 wilde Bourdrez juist in China blijven, omdat hij vond dat van zijn vertrek een verkeerd signaal zou uitgaan.

Het verlof in 1938 begint met een vakantie in Bali en enkele andere plekken in Indonesië, waar Bourdrez nog contacten heeft. Daarna gaan ze door naar Nederland, waar ze in het huis van zijn moeder intrekken. Daar zal Bourdrez ergens dat jaar ongetwijfeld het bericht hebben gekregen dat het Chinese leger, in een ultieme poging de Japanse opmars te vertragen, de dijken van de Gele Rivier hadden doorgestoken. Als gevolg hiervan verlegde de Gele Rivier haar loop met verschrikkelijke gevolgen voor de bevolking in de getroffen gebieden. Precieze cijfers zijn er niet, maar de laagste schattingen gaan uit van 400.000 doden. Het zou tien jaar duren voordat dijken langs de Gele Rivier zouden zijn hersteld. Het moet bijzonder pijnlijk zijn geweest voor Bourdrez die de jaren daarvoor hard had gewerkt om een nieuwe overstroming van de Gele Rivier te voorkomen. In diverse brieven en andere documenten vermeldt Bourdrez met trots dat bij bijzonder hoge waterstand in 1937 en 1938 de dijken van de Gele Rivier het overal hadden gehouden. 

In Den Haag wordt in oktober 1938 hun tweede zoon Erik geboren. Hij krijgt de tweede naam Herman, naar zijn vier jaar daarvoor overleden broer. Bourdrez blijft gedeeltelijk aan het werk en bezoekt Genève meerdere keren. Uiteraard gebruiken ze de gelegenheid ook om de familie Von Meyenburg te bezoeken in Basel. Ze genieten van vakanties in onder andere Zeeland.