Na het verlof in Europa vertrekt de familie Bourdrez weer naar China. De situatie in China is echter achteruit gegaan. Het Zuiden van China is grotendeels in Japanse handen en Chongking, de tijdelijke hoofdstad van China, is alleen te bereiken via Frans-Indochina (nu Vietnam, Laos en Cambodja). De familie strijkt dus neer in Hanoï. François Bourdrez reist alleen verder per trein naar Kunming en vervolgens met het vliegtuig naar Chongking.  

Daar wordt hij warm onthaald en gaat hij direct weer aan het werk als adviseur voor de Chinese regering. De Japanners hebben vrijwel de hele kust in handen, dus is het moeilijk om de nieuwe hoofdstad Chongqing te bevoorraden. Samen met zijn Franse collega Henri Maux gaat Bourdrez aan de slag om de verbindingen met de vrije gebieden te verbeteren.

Maux gaat aan de slag met de 'Birma Road' een weg over enkele enorme bergpassen tussen Chongking en Birma, dat in Britse handen is. François Bourdrez gaat op onderzoek uit of bevoorrading van Chongqing over de wilde bovenloop van de Yangtze-rivier mogelijk is. In theorie is het een mooi idee. De Yangtze stroomt van het Tibetaanse plateau in het Westen richting het Oosten door Chongking. Als ze een deel van deze rivier kunnen gebruiken voor transport van goederen, zou dat een goedkope oplossing kunnen zijn. Probleem is wel dat het gebied beheerst wordt door lokale krijgsheren en dat niemand precies weet welke delen van de bovenloop van de Yangtze wel en niet bevaarbaar zijn. 

Samen met enkele collega's bereidt Bourdrez zich voor op een moeilijk expeditie door een zeer ontoegankelijk gebied. Betrouwbare kaarten zijn er bijvoorbeeld niet. Hij krijgt een groepje soldaten mee, koks, dragers en twee Chinese collega-ingenieurs. Het eerste deel van de tocht doen ze vanuit Kunming over land. Bij de rivier gekomen, zoeken ze een lokale schipper, met schip en bemanning. 

Ze vinden een bootsman, die een grote en een kleine roeiboot heeft. Het plan is om langzaam de rivier af te zakken. Daarbij maken ze de boot steeds aan de kant vast met een touw, zodat ze niet meegevoerd wordt door de stroom. En zo zakken ze langzaam de rivier af. Touw of geen touw, de kleine boot kapseist op een van de eerste dagen en zinkt. Het gebeurt gelukkig dicht bij de kant en iedereen kan snel terug op de kant komen.

Op 10 mei 1939 gaan ze met de grote boot een klein stukje verkennen op een traject dat veilig lijkt, de kok gaat vast het eten maken, de bewakers en de reddingsvesten zijn niet eens mee. Alleen de bootsman Yen, François Bourdrez en twee chinese ingenieurs, Chang Tung en Hu Yun-Chow zijn aan boord. Het touw dat ze normaal gesproken aan de kant bevestigen, ligt opgerold op de vloer van de boot. De stroming blijkt echter verraderlijker dan gedacht. De boot breekt in tweeën op een rots en slaat om. François Bourdrez, zijn Chinese collega's springen in het water en verdrinken. Alleen Yen, de schipper, overleeft het ongeluk. Hij weet zich vast te klampen aan een touw dat vast zit aan de omgeslagen boot en weet ongeveer 12 kilometer stroomafwaarts de kant te bereiken.

Het duurt nog ruim twee weken voordat het bericht in Kunming aankomt dat de ingenieurs worden vermist. Twee Volkenbondcollega’s van Bourdrez, Fransman Henri Maux en de Schotse arts Robert Robertson stellen snel een expeditie samen om de drie mannen te zoeken.

Op 2 juni komt het de expeditie door het plaatsje Chiao-chiahsien (nu Xintangwan) en daar horen ze dat dorpsbewoners op 25 mei een lichaam gevonden hebben bij de rivier. De dorpsbewoners hebben het begraven. Op het lichaam vinden de mannen het pasje van de Volkenbond van Bourdrez. Het lichaam wordt in een tijdelijke kist geplaatst en meegenomen naar Kunming.  Daar vindt op 9 juni een officiële autopsie plaats onder leiding van Robertson. Het lichaam is in slechte staat, door de lange tijd in het water en onder de grond, maar is duidelijk van een relatief lange Westerse man. Dankzij de gravure in zijn trouwring kunnen ze Bourdrez met zekerheid identificeren. 

Op 24 juni 1939 wordt er een grote herdenkingsdienst georganiseerd, waarbij er door vele officials en de internationale vrienden en kennissen van Bourdrez afscheid wordt genomen. De Chinezen hebben kosten noch moeite gespaard om hier een waardige  ceremonie van te maken. 

Kort daarna vertrekt Elisabeth von Meyenburg naar Nederland met haar twee zoons. François Bourdrez wordt in Nederland gecremeerd en bijgezet in de urnennis van de familie Bourdrez op begraafplaats Westerveld.